ADN ancien révèle un cas de trouble génétique rare vieux de 12 000 ans

Des chercheurs de l'Université de Vienne et du Centre hospitalier universitaire de Liège ont identifié des variants génétiques associés à un trouble héréditaire rare de la croissance chez deux individus préhistoriques ayant vécu il y a plus de 12 000 ans. En utilisant l'analyse de l'ADN ancien et la génétique clinique moderne, l'équipe a diagnostiqué cette affection chez une mère et sa fille enterrées ensemble dans le sud de l'Italie. L'étude, publiée dans le New England Journal of Medicine, démontre que la paléogénomique peut reconstituer l'histoire des populations anciennes et diagnostiquer des maladies génétiques rares chez des individus préhistoriques.

Cette découverte provient d'une réanalyse d'un site funéraire du Paléolithique supérieur découvert en 1963 à la Grotta del Romito dans le sud de l'Italie. La sépulture comprenait deux individus inhumés ensemble dans une étreinte : « Romito 2 », un adolescent présentant un raccourcissement prononcé des membres, précédemment supposé être un mâle, et « Romito 1 », considéré comme une femme adulte. Romito 2 mesurait environ 110 cm, ce qui correspond à un trouble rare de la croissance squelettique appelé dysplasie acromésomélique, bien que cela n'ait pu être confirmé uniquement à partir des os. Romito 1 était également plus petite — environ 145 cm — que la moyenne de l'époque. Pendant des décennies, les chercheurs ont débattu de leur sexe, de leur relation et de la possibilité d'une cause commune à leur petite taille.

L'équipe a analysé l'ADN ancien extrait de la partie pétreuse de l'os temporal des deux individus, une région connue pour bien préserver le matériel génétique. L'analyse génétique a établi une relation de premier degré. Les chercheurs ont ensuite examiné les gènes associés à la croissance squelettique et comparé les variants identifiés avec des données cliniques modernes. Cette approche interdisciplinaire, combinant paléogénomique, génétique clinique et anthropologie physique, a impliqué une équipe internationale de l'Université de Vienne et des collaborateurs en Italie, au Portugal et en Belgique.

L'analyse a révélé que les deux individus étaient des femmes et parentes au premier degré, très probablement une mère et sa fille. Chez Romito 2, les chercheurs ont identifié un variant homozygote dans le gène NPR2, essentiel à la croissance osseuse. Cela a confirmé un diagnostic de dysplasie acromésomélique, type Maroteaux — un trouble héréditaire très rare caractérisé par une petite taille sévère et un raccourcissement marqué des membres. Les données génétiques de Romito 1 indiquent qu'elle portait une copie altérée du même gène, une condition associée à une petite taille plus modérée.

Ron Pinhasi de l'Université de Vienne, co-responsable de l'étude, a déclaré qu'en appliquant l'analyse de l'ADN ancien, il est désormais possible d'identifier des mutations spécifiques chez des individus préhistoriques, ce qui aide à déterminer depuis quand existent les troubles génétiques rares et à découvrir potentiellement des variants inconnus jusqu'alors. Daniel Fernandes, premier auteur de l'étude de l'Université de Coimbra, a noté que l'identification des deux individus comme des femmes étroitement liées transforme cette sépulture en un cas génétique familial, la petite taille plus modérée de la femme plus âgée reflétant probablement une mutation hétérozygote, montrant comment le même gène a affecté différemment les membres d'une famille préhistorique. Adrian Daly du Centre hospitalier universitaire de Liège, co-responsable de l'étude, a souligné que les maladies génétiques rares ne sont pas un phénomène moderne mais existent depuis toute l'histoire humaine, et que comprendre leur histoire peut aider à reconnaître ces conditions aujourd'hui.

Malgré des limitations physiques sévères, Romito 2 a survécu jusqu'à l'adolescence ou l'âge adulte, suggérant un soin soutenu au sein de sa communauté. Alfredo Coppa de l'Université Sapienza de Rome, également co-responsable de l'étude, a suggéré que sa survie aurait nécessité un soutien constant de son groupe, incluant une aide pour se nourrir et se déplacer dans un environnement difficile.